Tưởng Vĩ Quốc tiếp tục giữ các chức vụ cấp cao trong quân đội sau khi Trung Hoa Dân Quốc rút lui về Đài Loan. Năm 1964, sau sự cố Hukou, cấp dưới của ông ta là Triệu Chí Hoa cố gắng đảo chính, Vĩ Quốc đã phải chịu hình phạt và không được nắm giữ bất kỳ quyền hạn nào trong quân đội.[11][12][13]

Từ năm 1964 trở đi, Vĩ Quốc đã chuẩn bị thành lập một trường chuyên dạy chiến lược chiến tranh; một trường như vậy được thành lập vào năm 1969. Năm 1975, ông được thăng thêm lên chức thượng tướng cấp 2, và giữ chức hiệu trưởng của Trường Đại học Quốc Phòng. Năm 1980, Tưởng giữ chức vụ tổng trưởng bộ chỉ huy hậu cần; sau đó năm 1986, ông giải ngũ và trở thành Tổng thư ký Hội đồng An ninh Quốc gia

Sau cái chết của Tưởng Kinh Quốc, Tưởng Vĩ Quốc là đối thủ chính trị của người Đài Loan bản địa Lý Đăng Huy, và ông phản đối mạnh mẽ Phong trào bản địa hóa Đài Loan của họ Lý. Tưởng tranh cử chức phó tổng thống với Thống đốc Đài Loan Lâm Dương Khang trong cuộc bầu cử tổng thống gián tiếp. Lý tranh cử với tư cách ứng cử viên tổng thống KMT và hạ bệ Lâm-Tưởng.[14][15][16][17]